As propostas a serem admitidas nas etapas de pré-incubação e incubação na INNOVATIO são selecionadas por meio de editais públicos, nos quais são estabelecidas as condições e critérios para a apresentação e seleção das propostas.

Pré-Incubação: durante o período de pré-incubação os empreendedores participam de um processo que envolve capacitação, acompanhamento e avaliação técnica e econômica de sua proposta de criação e/ou desenvolvimento de produto, processo ou serviço de base tecnológica. A avaliação final é parte da análise de sua viabilidade do ponto de vista mercadológico. Durante a pré-incubação são ofertados pela INNOVATIO cursos, seminários, palestras e consultorias, com o objetivo de auxiliar os empreendedores no planejamento e gestão de seus empreendimentos, resultando, ao final desse período, em um plano de negócios estruturado.
Incubação: durante o período de Incubação a INNOVATIO oferece aos empreendedores que estão à frente das empresas incubadas capacitações que compõem cinco eixos: “Desenvolvimento do Empreendedor”, “Tecnológico”, “Capital”, “Mercado”, e “Gestão”. Disponibiliza, ainda, espaço físico e equipamentos de uso individual e compartilhado, ambientes para reuniões e serviços de uso compartilhado, bem como conservação do espaço de uso comum, garantindo, de acordo com a disponibilidade, o acesso à biblioteca e consultores de áreas tecnológica e gerencial. Além disso, dentre as propostas da INNOVATIO de auxílio ao desenvolvimento dos empreendimentos incubados, tem-se: promover a aproximação destes com possíveis investidores externos e a possibilidade de uso de infraestrutura laboratorial da FURG.
Pós-Incubação: etapa em que a empresa já concluiu sua incubação e relaciona-se com a Incubadora como colaboradora em eventos para empresas incubadas.